Мономолекулярное нанопоровое секвенирование - cеквенирование третьего поколения, позволяет секвенированть длинные фрагменты ДНК и РНК с помощью уникального портативного секвенатора MinION (Oxford Nanopore Technologies). Технология позволяет секвенировать геномы, транскриптомы эукариотических и прокариотических клеток, в том числе без специальной пробоподготовки производить анализ эпигенетических изменений ДНК (метилирование). Чувствительность – единичная клетка (т.е возможно секвенировать геном или транскриптом единичной клетки). Анализ данных выполняется гораздо проще, чем на секвенаторах типа Illumina, так как технология нанопорового секвенирования позволяет читать всю последовательность транскрипта целиком (или фрагментов ДНК при геномном анализе) длиной до 2 млн нуклеотидов.
Транскриптомный анализ позволяет производить полное профилирование транскрипционной активности клеток, количественно определить экспрессию всех транскрибирующихся генов, определить транскрипционные варианты и варианты альтернативного сплайсинга.
«В настоящее время мы располагаем приборной и методической базой для проведения подобных работ, имеем успешный опыт секвенирования транскриптомов. Приглашаем к сотрудничеству!» - рассказал старший научный сотрудник Лаборатории энергетики биологических систем, кандидат биологических наук Артем Михайлович Ермаков.
На фото секвенатор MinON находится в процессе работы.
Узнать подробнее про возможности технологии можно у нас (ao_ermakovy@rambler.ru, тел. 8 916 581 69 80), или на сайте:
https://nanoporetech.com
https://nanoporetech.com/products/minion
Bowden R, Davies RW, Heger A, et al. Sequencing of human genomes with nanopore technology. Nat Commun. 2019;10(1):1869. Published 2019 Apr 23. doi:10.1038/s41467-019-09637-5
https://www.nature.com/articles/s41467-019-09637-5
Zhao L, Zhang H, Kohnen MV, Prasad KVSK, Gu L, Reddy ASN. Analysis of Transcriptome and Epitranscriptome in Plants Using PacBio Iso-Seq and Nanopore-Based Direct RNA Sequencing. Front Genet. 2019;10:253. Published 2019 Mar 21. doi:10.3389/fgene.2019.00253
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30949200
Baldi S, Krebs S, Blum H, Becker PB Genome-wide measurement of local nucleosome array regularity and spacing by nanopore sequencing. Nat Struct Mol Biol. 2018 Sep;25(9):894-901. doi: 10.1038/s41594-018-0110-0. Epub 2018 Aug 20.
https://www.nature.com/articles/s41594-018-0110-0
Галерея
