Федеральное государственное бюджетное учреждение науки
Институт теоретической и экспериментальной биофизики
Российской академии наук
ИТЭБ (ru) en
Ермаков Артём Михайлович
Заведующий лабораторией
Ермаков Артём Михайлович
к.б.н.

В апреле 2021 г. в Институте теоретической и экспериментальной биофизики РАН была создана  Лаборатория исследований генома, целью деятельности которой является внедрение технологии секвенирования в рутинную медицинскую практику.  

Для реализации поставленных целей на базе созданной лаборатории были начаты исследования человеческого микробиома и метагенома. Сотрудниками Лаборатории разработаны собственные системы амплификации 16S (для бактерий), 18S (для грибов и других эукариот) рибосомальной ДНК,  выполняются анализы микробиомов и метагеномов кожи, ротовой полости, мочеполовой системы, кишечника, крови. Проводится биоинформатический анализ  и разработан собственное программное обеспечение для определения видов в микробиомном и метагеномном анализе, а также для определения антибиотикорезистентности и генов в бактерий в метагеноме. Также разработаны собственные универсальные среды для транспортировки биологических образцов, не требующие специальных условий транспортировки и хранения.

Сотрудниками Лаборатории разработаны и апробированы системы для определения однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), структурных вариаций (SNV) и изменения числа копий участков генома (СNV), разработано собственное программное обеспечение для анализа. В Лаборатории проводится определение эпигенетических изменений на уровне генома, а также  диагностика наследственных и онкологических заболеваний, заболеваний возникающих в результате приобретенных мутаций, определение индивидуальной чувствительности и побочных эффектов к фармакологическим препаратам, определение тканевой совместимости транспланта, определение индивидуальных особенностей метаболизма. Отработаны методы секвенирования транскриптома человека - для прогноза течения и эффективности терапии, хронических воспалительных, раковых и других заболеваний, определение оптимальных фармакологических препаратов для лечения.

В настоящее время ведется поиск инвестиций для оборудования в созданных помещениях новой высокотехнологичной лаборатории и внедрения разработанных методов и подходов в практику.

Направление исследований
  • Исследование молекулярно-генетических механизмов воздействия физических и химических факторов на биологические системы.
  • Разработка новых методов и подходов для нанопорового секвенирования геномов, транскриптомов, микробиомов и метагеномов.
  • Изучение молекулярно-генетических механизмов регуляции пролиферации и дифференцировки необластов планарий, регенерации и морфогенеза.
  • Управление процессами регенерации с помощью слабых физических воздействий: низкотемпературной газовой плазмы, комбинированных переменных магнитных полей и светового излучения.

Методы
  • Нанопоровое секвенирование геномов, транскриптомов, микробиомов, метагеномов, биоинформатический анализ данных секвенирования.
  • Молекулярно-генетический анализ клеток планарий и культивируемых клеток, тканей и органов животных и человека. Определение экспрессии различных генов методом ПЦР, ПЦР в реальном времени.
  • Культивирование и морфометрия планарий и изучение динамики их регенерации. Изучение культур нормальных и трансформированных клеток животных и человека, методы оценки жизнеспособности, пролиферации, дифференцировки, метаболической активности.
  • Методы микроинъекции, иммуногистохимия, РНК-гибридизация, РНК-интерференция. ПЦР и его различные модификации, ПЦР в реальном времени. Работа с плазмидными и лентивирусными векторами для получения линий клеток с витально меченными внутриклеточными компонентами или белками.
  • Создание модельных линий клеток методами CRISPR/Cas и РНК интерференции с помощью лентивекторных и аденовекторных систем.


В случае обнаружения ошибок или по вопросам размещения информации Вы можете связаться с администратором сайта.
admin@cnbp.ru